cache/*.rel の(自動かつ連鎖的な)再作成を行う links_update() の作りに起因して、特に管理者が *.relファイルを多数削除した後に、誰かが *.rel ファイルが存在しないページを更新したとき、httpdの子プロセスが長時間高負荷となるようです。
処理が完全に終わるまで、徐々に負荷が上がって行きます。また、コンテンツにもよりますが、(PHPの実行時間制限を無視するかのような)長時間この状態が続く可能性があります。
links_update() の処理は改善の余地が非常にあるように思われ、現状はアップデート時のハマリ所になる可能性があります。
PukiWikiで特定のページを更新したとき、そのページに対応する cache/*.rel ファイルが存在しない場合、PukiWikiはそのページが 新規作成されたとみなし、cache/*.relファイルを生成しようと します。(links_update()関数の内部)
通常は cache/*.rel ファイルは全て存在する前提になって いますので、新しくファイルを作成する場合でも比較的速やかに (1ページ分の処理単位で)処理が終了します。
しかしlinks_update() 関数によるリンクキャッシュの再作成処理は、 現状の実装上「他にも存在しない *.rel ファイルがある事をを 見つけた場合には <連鎖的に> 動作」します。
すなわち、cache/*.rel ファイルが全く無いときは極端に処理が 重くなる事が続く可能性があります。
※一度生成処理を経たページを更新する場合は、この症状は発生 しません
(1) PukiWikiをアップデートする際に、cache以下のファイルも 持ち越している場合は今回の症状は発生しません。
(2) 新しいPukiWikiをローカルに展開して最新の wiki/count/diff/backup/attach ディレクトリに差し替えた後、
http://path/to/pukiwiki/index.php?plugin=links
からlinksプラグインを呼び出して(リンク)キャッシュの更新を 実行し、全てのページに対応する *.refおよび*.relファイルを 生成してください。
この処理は高負荷時の動作を意図的に引き起こします。 また、仮にPHPの実行時間制限や、メモリ制限で links プラグ インの実行が停止する時には、中途半端なファイルが作成され る可能性がありますので、本番環境ではなく、ローカルの作業 環境で(必要であれば実行時間制限やメモリ制限を緩和した上で) 実行する事をお薦めします。
最終的にcacheディレクトリに *.rel および *.ref ファイルが 作成されますので、これらを wiki ファイルと一緒にサイトに アップロードし、他と同様に書き込み権限を追加してください。