なぜか三日分。
PHPの正規表現処理の問題かもしれません。暫定対処です。
せっかくmizkazさんに正しい指摘をしていただいたにもかかわらず、ぱんだの早合点で正しくない修正をしてしまっていたのを直しました。 XD
make_link()側で行っていた「インラインプラグイン記述のbody部を文字列置換」(要は再帰的なmake_link()の呼び出し)を、プラグイン側に移動しました。
auto_template_rulesのチェック方法を変更しました。正規表現パターンにマッチした場合でも、対応するテンプレートページが存在しないときは次のパターンをチェックします。
1.3.x用の書き換え位置をコメントとして挿入しておきました。