BugTrack/28にも絡む問題だと思います。
html.php/inline2関数の
$str = preg_replace("/#related/",make_related($vars["page"],TRUE),$str);
の行で、必ずmake_relatedが実行されてしまいます。
ここは、マッチしたときだけmake_relatedを評価するように
$str = preg_replace("/#related/e","make_related(\$vars[\"page\"],TRUE)",$str);
としてはどうでしょうか。
以下余談
make_relatedを呼び出してほしくなかったので*1、pukiwiki.ini.phpで
// 関連するリンクを常に表示する(負担がかかります) $related_link = 0;
と指定したんですが、それでもなおmake_relatedが呼ばれている。なぜだ…とソースを眺めていて発見しました。
しろくろのへや:FrontPageではこの変更で、7秒以上かかっていた処理時間が2秒弱 :) まで高速化しました。