.orgの質問箱でも度々でていることですが、同一名のファイルがアップロードされたときには、別名保存するだけではなく、上書き保存も出来るようにはならないでしょうか。 もちろん、これにより悪意あるコンテンツの改ざんが行われる可能性があるため、デフォルトでは現在と同じような別名保存にしておき、オプションで変更できるようになればよいと思います。