ページの「読み」を返す get_readings 関数ですが、 lib/func.php#page_list で
if ($pagereading_enable) { mb_regex_encoding(SOURCE_ENCODING); $readings = get_readings($pages); }
のように呼ばれているにもかかわらず、lib/file.php#get_readings そのものは
function get_readings() { ... $pages = get_existpages(); ... }
と引数を持っていません。
function get_readings($pages = null) { ... if (! isset($pages)) $pages = get_existpages(); }
とすると使用しないページの読みを取得せずにすむのでよろしいのではないかと思います。