skinディレクトリを上の階層に移動させたいので、 pukiwiki.ini.phpの設定を変更し、
define('SKIN_DIR', '../skin/');
のようにすると、スタイルシートが適用されなくなります。
とりあえず、pukiwiki.skin.phpをこのように編集して対処しました。
<link rel="stylesheet" type="text/css" media="screen" href="skin/pukiwiki.css.php?charset=<?php echo $css_charset ?>" charset="<?php echo $css_charset ?>" /> <link rel="stylesheet" type="text/css" media="print" href="skin/pukiwiki.css.php?charset=<?php echo $css_charset ?>&media=print" charset="<?php echo $css_charset ?>" />
を
<link rel="stylesheet" type="text/css" media="screen" href="<?php echo SKIN_DIR ?>pukiwiki.css.php?charset=<?php echo $css_charset ?>" charset="<?php echo $css_charset ?>" /> <link rel="stylesheet" type="text/css" media="print" href="<?php echo SKIN_DIR ?>pukiwiki.css.php?charset=<?php echo $css_charset ?>&media=print" charset="<?php echo $css_charset ?>" />
に変更。