標準添付ページ (プラグインのヘルプ/説明) において pukiwiki.ini.php で $line_break = 1; すると表示が崩れる。
Q. 編集時に ~ を使わずに改行をそのまま反映させたいを参考に$line_break = 1に変更し、ブラウザの改行を有効にしています。
この状態でサイトを運用すると、pukiwiki:PukiWiki/1.4/Manual/Plugin以下のページの書式の説明が崩れます。
~''#aname('' &color(blue){アンカー名}; [,{[&color(blue){super};], [&color(blue){full};], [&color(blue){noid};]}, &color(blue){アンカー文字列};] '')''
デフォルトで入っている崩れてしまうページの一番上に#setlinebreak(off)を、ページの一番下に#setlinebreak(default)を入れ、見た目の崩れは回避できました。
出来れば最初からこの記述が入っていると嬉しかったなと思ったので、質問という形で投稿させていただきます。
Web検索をすると崩れたままのところがたくさん見つかるので気にしている人はほとんどいないと思いますが