バグなのか仕様なのかわかりませんが、一応報告させていただきます。
このページを差分で見てみると差分でも以下のAutoTicketLinkが自動リンクされていると思います。
commit:5dee957
var pluginNameE = document.querySelector('#pukiwiki-site-properties .plugin-name') if (pluginNameE.value != "read" && pluginNameE.value != "edit") return
ただ、この場合、バックアップのページ(パラメータがaction=source、action=diffではない際)では自動リンクされません。