<link>タグはウェブ全体で設定している関係で、navi.inc.phpが<link>タグを出力すると重複する場合があるので、出力しないオプションが欲しい。
とりあえずは、skinから<?php echo $head_tag ?>を削除することで対処していますが、今後、別のプラグインなどで$head_tagを利用する可能性もあるので、プラグイン側で出力しないオプションが欲しい。