SIZEで文字サイズを大きくした場合にInternet Explorer 6、Netscape 6/7、Mozilla 1などでは行間が広がらず、前後の行の文字と重なってしまう。
<font>や<span>はインライン要素なので、そのままではCSSのline-heightが適用されないため。Internet Explorer 6、Netscape 6/7、Mozilla 1がW3C準拠になったための仕様変更。
対策は、SIZEのユーザー定義を下記のようにすればOK
"SIZE\(([^\(\)]*)\):((?:(?!SIZE\([^\)]+\)\:).)*)" => "<font size=\"\\1\" style=\"display:inline-block;line-height:130%\">\\2</font>",
インライン要素の<font>に対し、CSSのdisplay:inline-blockでブロック要素として扱うように変更している。→参照 ; http://www.microsoft.com/japan/msdn/ie/ie60/cssenhancements.asp#cssenhancements_topic8
最新版(CVS 1.6)から修正したpukiwiki.ini.phpをBugTrack/42に添付しておきます。