COLORやFONTなどを指定した行を ~で終わらせて改行させようとすると、タグた閉じられないため、それ以後の行でもその指定が生きてしまう。
pukiwiki.ini.phpの
"~((?:<\\/[a-zA-Z]+>)*)$" => "<br>", /* 行末にチルダは改行 */
を↓の様に修正。
"~((?:<\\/[a-zA-Z]+>)*)$" => "\\1<br>", /* 行末にチルダは改行 */