TouchGraph Plugin で遊んでみましたが、Link の方向が逆じゃないかな?
TouchGraph WikiBrowser の ShowBackLinks を false にすると、 現在選択してるノードが参照しているノードが全部消えて、 現在選択しているノードを参照しているノードだけしか表示されなくなるですよ。
TouchGraph WikiBrowser についてくるサンプルとはグラフの矢印の向きが逆ですね。
java -Dfile.encoding=EUC-JP ...