&br;は現在、ユーザ定義ルールに定義されています。#brを処理するため、plugin/br.inc.phpがありますので、このプラグインで処理するようにしてはいかがでしょうか。
official:続・質問箱/551にあがっていますが、プラグインで処理できれば「改行を反映する」を有効にしたときに &br;、#brを無効に出来るかと思います。