1.4.5を早速使わせてもらっていますが、 注釈がURLエンコードされていないように思われます。
make_link.phpで、注釈のリンクに href="$script?$page#note... と新たに$script?$pageをつけているからだと思いますが、 削除したら何か影響があるのでしょうか?
間違いでしたら、すいません。(だとしたら、これ削除願います。)
< $page = isset($vars['page']) ? htmlspecialchars($vars['page']) : ''; --- > $page = isset($vars['page']) ? rawurlencode($vars['page']) : '';