pukiwiki.ini.php内で言語設定をenにするとMenuBarの表示がなくなり、各種ブロック型プラグインが使用できなくなります。&amazonや&topicpathなどのインライン型プラグインは使用できています。
(pukiwiki_dir)/lib/plugin.php内で参照しているPKWK_ENCODING_HINTが、(pukiwiki_dir)/lib/init.php内でセットされていないようだったので、(pukiwiki_dir)/en.lng.php内の
$_LANG['encode_hint']['en'] = '';
を
$_LANG['encode_hint']['en'] = 'Aa'; <-- Aaはなんでもよい?
に修正することで回避しました。