$script_directory_index = 'index.php'; を設定しても、pukiwiki.php へアクセスされると /?XXX のURLになりません。
/pukiwiki.php?XXX へのアクセスを /?XXX にリダイレクトします。
pukiwiki.php <?php $request_uri = $_SERVER['REQUEST_URI']; $uri = preg_replace("/\/pukiwiki\.php/", "/", $request_uri, 1); header("HTTP/1.1 301 Moved Permanently"); header("Location: $uri"); ?>