Apache が稼動しているWebサーバーで、設定や組み込まれているモジュールの設定を、ディレクトリ単位で変更するためのファイル。
通常、サーバーの設定はhttpd.confファイルに記述しますが、このファイルはサーバー管理者しか編集できません。一方、.htaccessファイルは各ユーザが、各ディレクトリ単位で設定できます*1。
.htaccessファイルは、ASCII(EUC)モードでアップロードし、パーミッションは644(ふつうにアップロードすればそうなるはず)でよいが、 .htaccessファイル自体がブラウザで見えてしまうとセキュリティ上よくないので、ブラウザで設定した.htaccessファイルが見えてしまわないか確認しておきましょう*2。もし見えてしまうようであれば、.htaccessファイルに次の4行を加えて再アップしてください。
<Files .htaccess> order allow, deny deny from all </Files>Wiki本体や設定ファイルなどに対しても、簡単に覗かれないように同様の設定をしましょう。(特にパスワードなどが書かれているファイルが公開されていると、自由に改変されて危険です)