FrontPageのみ左サイドにサブメニューをつけたいのですが、どうすればいいのでしょうか?
if($vars["page"] == "FrontPage")
のような判定で振り分ければOKだと思います。pukiwiki.skin.ja.phpの60行あたりに以下のように追加してみて下さい。
+<?php if($vars["page"] == "FrontPage"){ ?> <td valign="top" style="width:120px;word-break:break-all;"> <?php echo convert_html(@join("",@file(get_filename(encode("MenuBar"))))) ?> </td> <td style="width:10px"> </td> +<? php } ?>