トラブルで復旧などはまだ未経験なのですが(出来ればお目にかかりたくない)、ページを更新したからといってバックアップされる訳でもないみたいですし、どのようなタイミングでバックアップされるのでしょうか?
pukiwiki.ini.php に
// 定期バックアップの間隔を時間(hour)で指定します(0で更新毎) $cycle = 6;
のような定義がありますので、ここを適宜変更して利用して下さい。