Q.他所からの書き込みでオーナーがwww-dataに書き変わってしまい、その後書き込みができなくなります。
=> Apacheの仕様および設定の影響を受けている、CGI全般のFAQです。SFもPukiWikiもPHPも関係ありません。
Webの動作には 744 , 書き込み許可は 766が必要で PukiWikiに限らず SFユーザーがシェルログインを行えば、SFユーザーならほとんどのファイルを読み込めてしまいます 公式FAQにもありますが 766の書き換え可能領域は、他のユーザーが書き込めてしまいます
sourceforge.jp/docs/プロジェクトWebページFAQ
PHPがother権限で動作し、プロジェクト以外のユーザーもother権限。 内部からは、セキュリティがないも同然ですので SFではなく 安い共有サーバーを借りて設置 運用したほうが安全です。